علامه در پایان سال (آخرین روز ماه ذیحجه) ۱۳۲۱ ه.ق مصادف با ۱۲۸۲ ه.ش در شاد آباد تبریز در خانواده‌ای اهل علم به دنیا آمد. اجداد ایشان تا چهارده پشت ایشان از دانشمندان و علمای بنام تبریز بودند.
در سن ۵ سالگی علامه، مادر و در سن ۹ سالگی پدرش از دنیا رفتند و از آنها فرزندی جز او و برادر کوچکترش بنام سید محمد حسن باقی نماند.
سید محمد حسین به مدت شش سال (۱۲۹۰ تا ۱۲۹۶ه.ش) پس از آموزش قرآن که در روش درسی آن روزها قبل از هر چیز تدریس می‌شد، آثاری چون گلستان، بوستان و … را فراگرفت. علاوه بر آموختن ادبیات، زیر نظر میرزا علینقی خطاط به یادگیری فنون خوشنویسی پرداخت. سپس وارد مدرسه طالبیه تبریز شد و به فراگیری ادبیات عرب و علوم نقلی و فقه و اصول پرداخت و از سال ۱۲۹۷ تا ۱۳۰۴ ه.ش مشغول فراگیری دانش‌های مختلف اسلامی گردید.
علامه طباطبایی بعد از تحصیل در مدرسه طالبیه تبریز همراه برادرشان به نجف اشرف مشرف شد و ده سال تمام (۱۳۰۴ - ۱۳۱۴) در نجف اشرف به تحصیل علوم دینی و کمالات اخلاقی و معنوی مشغول گشت. وی در نجف فقه و اصول را نزد استادان معروفی چون نایینی و کمپانی و فلسفه را نزد سید حسین بادکوبی که خود از شاگردان جلوه و آقا علی مدرس بود و ریاضیات را نزد آقا سید ابوالقاسم خوانساری و اخلاق را در محضر حاج میرزا علی قاضی که در حکمت عملی و عرفان، مقامی بس ارجمند داشتند، تلمذ کرد.
تحصیلات علامه طباطبایی فقط محدود به سطوح عادی فقه نبود بلکه علاوه بر عمیق‌ترین تحصیلات در صرف و نحو و ادبیات عرب و فقه و اصول، ایشان یک دوره کامل از ریاضیات قدیم از «اصول» اقلیدس تا «مجسطی» بطلمیوس و نیز فلسفه و کلام و عرفان و تفسیر را فرا گرفت و در این علوم به مرحله اجتهاد نائل آمد.
علامه سید محمد حسین حسینی طهرانی در مورد تحصیلات علامه در نجف می نویسند : باری، استاد ما علوم ریاضی را در نجف اشرف نزد آقا سیّد أبوالقاسم خونساریّ که از ریاضی‌دان‌های مشهور عصر بود فرا گرفته بودند. و خود ایشان می‌فرمودند که: برای بعضی از استادان ریاضی جامعۀ بغداد (دانشگاه) مسأله‌ای مشکل پیش می‌آمد که از حلّ آن عاجز می‌شدند، به نجف می‌آمدند و بخدمت آقای سیّد أبوالقاسم می‌رسیدند و اشکال خود را رفع می‌کردند. علاّمۀ طباطبائی در ادبیّات عرب و معانی و بیان و بدیع استاد بودند. در فقه و اصول استاد بودند و ذوق فقهی بسیار روان و نزدیک به واقع داشتند. و دوره‌هائی از فقه و اصول را نزد استادانی چون مرحوم آیة الله نائینی و مرحوم آیة الله کمپانی خوانده بودند، و نیز از فقه آیة الله اصفهانی بهرمند شده‌اند؛ و مدّت این دوره‌های از درس مجموعاً به ده سال کشیده شد. و استاد وحید ایشان در فلسفه، حکیم متألّه معروف مرحوم آقا سیّد حسین بادکوبه‌ای بوده است که سالیانی دراز در نجف اشرف در معیّت برادرشان مرحوم آیة الله آقا حاج سیّد محمّد حسن طباطبائیّ إلهی نزد او بدرس و بحث مشغول بوده‌اند؛ و چون «أسفار» و «شفاء» و «مشاعر» و غیرها را نزد او خوانده‌اند. مرحوم حکیم بادکوبه‌ای به ایشان عنایتی خاصّ داشته است و برای تقویت برهان و استدلال، ایشانرا امر کرده است که علوم ریاضی را دنبال کنند.
و امّا معارف الهیّه و اخلاق و فقه الحدیث را نزد عارف عالیقدر و کم نظیر یا بی‌نظیر، مرحوم آیة الحقّ حاج میرزا علی آقا قاضی قدَّس اللَه تربتَه الزّکیّة آموخته‌اند؛ و در سیر و سلوک و مجاهدات نفسانیّه و ریاضات شرعیّه تحت نظر و تعلیم و تربیت آن استاد کامل بوده‌اند. مرحوم قاضی از بنی اعمام ایشان بوده‌اند، و در نجف اشرف به تربیت شاگردان الهی و وارستگان و شوریدگان جمال الهی و مشتاقان لقاء و زیارت حضرت احدیّت مشغول و در آن خطّه، عالِم وحید و یگانه در این فنّ بوده‌اند؛ بطوریکه ایشان نام «استاد» را فقط بر او می‌بردند، و هر وقت استاد بطور اطلاق می‌گفتند مراد مرحوم قاضی است؛ و گویا در مقابل مرحوم قاضی، تمام اساتید دیگر با وجود آنمقام و عظمت علمی، کوچک جلوه می‌کردند. لیکن در مجالس عمومی اگر مثلاً سخن از اساتید ایشان به میان می‌آمد، از فرط احترام، نام «قاضی» را نمی‌بردند و او را همردیف سائر اساتید نمی‌شمردند. همچنانکه در مقالۀ مختصر و کوتاهی که بقلم خود ایشان دربارۀ زندگانی ایشان آمده، و در مقدّمۀ مجموعه مقالات و رسائل ایشان بنام «بررسی‌های اسلامی» منتشر شده است نامی از مرحوم قاضی در ردیف اساتید بچشم نمی‌خورد. (مهرتابان، صص 21 و 22).
علامه طباطبایی در مدتی که در نجف مشغول تحصیل بودند به علت تنگی معیشت و نرسیدن مقرری که از ملک زراعیشان در تبریز بدست می‌آمد مجبور به مراجعت به ایران شد و مدت ده سال از سال ۱۳۱۴ تا ۱۳۲۵ در قریه شادآباد تبریز به زراعت و کشاورزی مشغول گردید. در این دوره فعالیت علمی از قبیل تحصیل یا تدریس از او گزارش نشده است. ولی تعدادی از کتاب‌ها و رساله‌های علامه حاصل تفکرات این دوره است و در تبریز نگاشته شده‌اند. شهرت علامه طباطبایی در تهران و حوزه‌های دیگر علمی ایران خارج از تبریز هنگامی آغاز شد که ایشان در اثر حوادث سیاسی جنگ دوم جهانی و عواقب بعد از آن از تبریز به قم مهاجرت کرد و از سال ۱۳۲۵ در آنجا ساکن شد و بدون کوچک‌ترین سر و صدا مجالس درس خود را در تفسیر و حکمت آغاز کرد. در حوزه علمیه قم، خدمت بزرگ علاّمه طباطبایی، احیای علوم عقلی و نیز تفسیر قرآن کریم بوده است. به تدریج ایشان تدریس سطوح اساسی حکمت مانند کتاب شفاء و اسفار را متداول ساخت.
شخصیت بارز و دارا بودن اخلاق و ویژگی‌های اخلاقی نیک و معاشرت زیبای وی در تماس با طلاب، هر روز گروه بیشتری از افراد علاقه‌مند و با استعداد را بسوی مجالس درس ایشان جلب کرد تا در سالیان اخیر در درس حکمت، صدها طلبه حضور داشتند و در طی بیست و چند سال گذشته دانشمندان بسیاری که برخی اکنون خود اساتید فلسفه هستند، موفق به رسیدن به مقام اجتهاد در این علم، زیر نظر او شدند. می‌توان گفت تأثیر مهم‌تر علامه طباطبایی که فراتر از تدریس و توسعه حکمت که از طریق تربیت عده زیادی از طلاب و نشر کتب انجام پذیرفته است، توجه ایشان به اهمیت تربیت اخلاقی و تزکیه نفس بین شاگردان خود بوده است. ایشان در واقع به تنهایی مکتب جدیدی در تربیت افرادی که علم و اخلاق را با هم توسعه داده‌اند، تاسیس کرده و اشخاصی شایسته‌ای به جامعه تقدیم داشته است.
در دوران سکونت در قم یکی از فعالیت‌های علامه طباطبایی شرکت در جلساتی علمی و فلسفی در تهران بود. این جلسات با حضور اندیشمندانی مثل هانری کربن، سید حسین نصر، داریوش شایگان و... با محوریت علامه طباطبایی درباره مسائل فلسفی، عرفانی، ادیان و اسلام شناسی برگزار می‌شد. او در این سفرهای پیاپی به تهران با علاقه‌مندان به حکمت و معارف اسلامی تماس حاصل نمود و گاه با مخالفان دین و حکمت، نیز به بحث می‌پرداخت. در برخی از این نشست‌ها موضوع بحث، تفسیر عرفان شرقی با محوریت اوپانیشادها و گات‌ها بوده است. مطالب این کتاب‌ها توسط داریوش شایگان به فارسی ترجمه می‌شد و سپس علامه طباطبایی درباره آن مطالب توضیح می‌داده است.
جلسات بین ایشان و هانری کربن به مدت ۲۰ سال (۱۳۷۸ ه.ف تا ۱۳۹۹ ه.ق) هر پاییز با حضور جمعی از فضلا و دانشمندان تشکیل می‌شد که در آن مباحثی حیاتی درباره دین و فلسفه و مسائلی که جهان امروز در مقابل شخص معنوی و جوینده حقیقت قرار می‌دهد، مطرح می‌شد. به گفته دکتر سید حسین نصر چنین جلساتی در سطحی آن چنان بالا و با افقی آن چنان وسیع در جهان اسلام امروز بی‌نظیر بوده است و حتی می‌توان گفت که از دوره قرن وسطی که تماس فکری و معنوی اصیل بین اسلام و مسیحیت قطع شد، چنین تماسی بین شرق اسلامی و غرب حاصل نشده است.
علامه طباطبائی در پرورش عالمان سترگ اسلامی نیز موفقیتی چشمگیر داشتند همچون سید عزالدین حسینی زنجانی، مرتضی مطهری، عبدالله جوادی آملی، محمد فاضل لنکرانی، سید موسی شبیری زنجانی، محمد تقی مصباح یزدی، جعفر سبحانی، غلامحسین ابراهیمی دینانی، حسن حسن زاده آملی، سید محمد حسین لاله‌زاری طهرانی، ابراهیم امینی، سید جلال الدین آشتیانی، ناصر مکارم شیرازی، احمد احمدی، سید حسن طاهری خرم‌آبادی، علی قدوسی، محمد محمدی گیلانی، یحیی انصاری شیرازی، سید محمد حسینی بهشتی، محمد مفتح، محمد جواد باهنر، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی، حسین نوری همدانی، ابوطالب تجلیل، سید موسی صدر، سید محمد باقر موحد ابطحی، سید محمد علی موحد ابطحی، سید مهدی روحانی، علی احمدی میانجی، عباس ایزدی و محمد صادقی تهرانی.
از ایشان آثار علمی بسیار بجا مانده که قسمتی از آنها بدین قرار است: تفسیر المیزان، اصول فلسفه و روش رئالیسم، حاشیه بر اسفار صدرالدین شیرازی، سنن النبی (ص) ، مصاحبات با پروفسور کوربن، شیعه در اسلام، حاشیه بر کفایه الاصول، رساله در قوه و فعل، رساله در اثبات ذات، رساله در صفات، رساله در افعال، رساله در وسائط، الانسان قبل الدنیا، الانسان فی الدنیا، الانسان بعد الدنیا، رساله در نبوت، رساله در ولایت، رساله در مشتقات، رساله در برهان، رساله در مغالطه، رساله در تحلیل، رساله در ترکیب، رساله در اعتبارات' رساله در نبوت و مقامات، منظومه در رسم خط نستعلیق، علی والفلسفة الالهیه، قرآن در اسلام، رساله در حکومت اسلامی، که به فارسی و عربی و آلمانی چاپ شده است. مقالات متعددی نیز در نشریات گوناگون مانند مکتب تشیع و درس‌هایی از مکتب اسلام و راهنمای کتاب و... به انتشار رسیده است.
منابع :
- آشتیانی – سید جلال الدین، شرح مقدمه قیصری بر فصوص الحکم
- آشتیانی – سید جلال الدین، شرح فصوص الحکم (القیصری)
- امینی نژاد – علی، آشنائی با مجموعه عرفان اسلامی، صص 176 تا 228
- یزدان پناه – سید یدالله، مبانی و اصول عرفان نظری، صص 34 تا 60
- امینی نژاد – علی، حکمت عرفانی، صص 44 تا 51