ایشان در عرفان شاگرد میرزا محمد علی شاه آبادی و در اخلاق شاگرد میرزا جواد آقا ملکی تبریزی است و از این جهت جمع کننده بین مدرسه تهران و نجف می باشد.
در حوزه فلسفه و عرفان امام خمینی شاگردانی چون سید جلال الدین آشتیانی، شهید مطهری و دکتر حائری یزدی تربیت شدند. مرحوم آشتیانی می نویسند: امام قبل از دوران طلبگى حقیر در قم شرح فصوص تدریس می کردند و در زمانى که نگارنده این سطور در قم تحصیل می کردم، معظم له شرح منظومه (براى جمعى از جمله مرحوم علّامه بزرگوار شهید مطهرى و آیت الله منتظرى، آیت الله آقا میرزا محمد مسائلى اردبیلى و مرحوم آقا سید غنى اردبیلى و شهید دانشمند قاضى طباطبائى و برخى دیگر از افاضل زمان) تدریس می فرمودند. مدتها به تدریس اسفار اشتغال داشتند که برخى از مدرسان درجه اول مانند آیت الله حاج میرزا عبد الجواد سدهى اصفهانى و حاج میرزا عطاء الله سدهى و مرحوم فکور یزدى بدرس ایشان می رفتند و استاد علّامه مطهرى و آیت الله منتظرى و جمعى دیگر در این درس حاضر می شدند. امام بعد از شروع به تدریس خارج فقه و اصول و توجّه افاضل باین دروس، نتوانستند بین تدریس دو رشته جمع نمایند و در مدت قلیلى حوزه درسشان دیگر حوزه ها را تحت شعاع قرار داد.
آثار عرفانی امام خمینی از بهترین آثار عرفانی شمرده می شود. از آن جمله می توان آداب الصلوه، سر الصلوه، تعلیقات بر شرح فصوص الحکم قیصری و مصباح الانس ، شرح حدیت راس الجالوت و مصباح الهدایه الی الخلافه و الولایه را نام برد . آخرین تعلیقات بر کتاب قیصرى یعنى شرح فصوص، حواشى مغفور له، حضرت امام خمینى، أعلى اللَّه مقامه، است که بر مقدمه قیصرى بالنسبه کم، ولى بر شرح قیصرى، یعنى اصل کتاب، بیشتر است. تعلیقات آن بزرگوار پر بها و دلرباست و حاکى است از ذوق سرشار ایشان. آن جناب داراى قلمى روان و جذّاب است، و در ذوقیات قریحه اى کم نظیر دارند. ایشان برخى مطالب شارح قیصرى را نقد کرده اند، و در برخى مباحث پاره اى از مطالب شیخ أکبر، ابن عربى، را نیز مورد مؤاخذه قرار داده اند، و از استاد بزرگوار و محقق خود، مرحوم آیت اللَّه میرزا محمد على شاه آبادى، أعلى اللَّه مقامه، در تأیید مطالب خود نقل کرده اند، و در مواردى نیز بر مطالب شیخ خود در مشرب عرفان اشکال یا مناقشه فرموده اند. در مقدمه قیصرى، باب «جواهر و اعراض» در بیان این اصل که «جوهر» به اصطلاح عرفا غیر از جوهر و عرض به طریقه حکماست تحقیقاتى دارند. مناقشاتى نیز بر شارح، علامه قیصرى، قدس سرّه، کرده اند که با کمال اختصار برگزار فرموده و از بحث گذشته اند. از ویژگی های شاخص ایشان می توان نهضت انقلابی ایران و گشایش برای اهل معرفت را نام برد.
منابع :
- آشتیانی – سید جلال الدین، شرح مقدمه قیصری بر فصوص الحکم
- آشتیانی – سید جلال الدین، شرح فصوص الحکم (القیصری)
- امینی نژاد – علی، آشنائی با مجموعه عرفان اسلامی، صص 176 تا 228
- یزدان پناه – سید یدالله، مبانی و اصول عرفان نظری، صص 34 تا 60
- امینی نژاد – علی، حکمت عرفانی، صص 44 تا 51